- Puigbò P., Pasamontes A. and Garcia-Vallvé S. (2008) Gaining and losing the thermophilic adaptation in prokaryotes. Trends in Genetics. In press.
     - Puigbò P., Romeu A. and Garcia-Vallvé S. (2008) HEG-DB: a datase of predicted highly expressed genes in prokaryotic complete genomes under translational selection. Nucleic Acids Research. doi:10.1093/nar/gkm831.
     Puigbò P., Garcia-Vallvé S. and McInerney J.O. (2007) TOPD/FMTS: a new software to compare phylogenetic trees. Bioinformatics. doi: 10.1093/bioinformatics/btm135.
     Puigbò P., Guzmán E., Romeu A. and Garcia-Vallvé S. (2007) OPTIMIZER: A web server for optimizing the codon usage of DNA sequences. Nucleic Acids Research. doi:10.1093/nar/gkm219.
     Rojas A, Montero MA, Guzmán E, Pallejà A, Puigbò P, Garcia-Vallvé S and Romeu A. Thodosius Dobzhansky (1900-1975). El naixement de la teoria sintètica. Actes de la VIII trobada d'història de la ciència i de la tècnica. Barcelona, SCHCT, 2006. 349-354.
     Villar J.L., Puigbò P., Riera-Codina M. (2003) Analysis of highly phosphorylated inositols in avian and crocodilian erythrocytes. Comp Biochem Physiol B Biochem Mol Biol. 135:169-75.